Το 1ο Γενικό Λύκειο Θήβας παρέχει στους μαθητές του σύγχρονα και πλήρως εξοπλισμένα εργαστήρια, που καλύπτουν ένα ευρύ φάσμα επιστημονικών κλάδων. Στο εργαστήριο Χημείας, οι μαθητές έχουν τη δυνατότητα να πειραματιστούν και να αναπτύξουν τις δεξιότητές τους σε χημικές αντιδράσεις και αναλύσεις. Το εργαστήριο Φυσικής προσφέρει άμεση επαφή με τα φυσικά φαινόμενα, δίνοντας την ευκαιρία για πειραματικές εφαρμογές και μελέτες της φυσικής πραγματικότητας.

Η Βιολογία διδάσκεται σε ειδικά διαμορφωμένα εργαστήρια, όπου οι μαθητές εμβαθύνουν στη μελέτη του ανθρώπινου οργανισμού, των ζωντανών οργανισμών και των βιολογικών διεργασιών μέσω πρακτικών εφαρμογών. Το σχολείο διαθέτει, επίσης, πλήθος άλλων εργαστηρίων για τα μαθήματα της Πληροφορικής, των Μαθηματικών και άλλων επιστημονικών πεδίων.

Αυτές οι εγκαταστάσεις αποτελούν σημαντικό εργαλείο για τη μαθησιακή διαδικασία, ενισχύοντας την πρακτική γνώση και εμπειρία των μαθητών, και προετοιμάζοντάς τους για τις απαιτήσεις της σύγχρονης επιστήμης και τεχνολογίας.